Pendidikan Agama meliputi Pendidikan Agama Islam, Kristen, dan Katolik sesuai agama yang dianut siswa.

Pendidikan Agama Islam bertujuan untuk:

1. Menumbuhkembangkan akidah melalui pemberian, pemupukan. dan pengembangan pengetahuan, penghayatan, pengamalan, pembiasaan, serta pengalaman peserta didik tentang agama Islam sehingga menjadi manusia muslim yang terus berkembang keimanan dan ketakwaannya kepada Allah SWT.
2. Mewujudkan manuasia Indonesia yang taat beragama dan berakhlak yaitu manusia yang berpengetahuan, rajin beribadah, cerdas, mulia berdisiplin, bertoleransi, menjaga produktif, jujur, adil, etis, keharmonisan secara personal dan sosial serta mengembangkan budaya agama dalam komunitas sekolah.

Pendidikan Agama Kristen dan Katholik bertujuan untuk :

1. Memperkenalkan Allah Bapa, Anak dan Roh Kudus dan karya-karyaNya agar peserta didik bertumbuh iman percayanya dan meneladani Allah Tritunggal dalam hidupnya.
2. Menanamkan pemahaman tentang Allah dan karya-Nya kepada peserta didik, sehingga mampu memahami dan menghayatinya
3. Menghasilkan manusia Indonesia yang mampu menghayati imannya secara bertanggungjawab serta berakhlak mulia di tengah masyarakat yang pluralistik.